Nieuwe methode maakt opsporing DNA-mutaties kanker makkelijker

20 januari 2015 | Bron: Medisch Contact

De onderzoekers van het UMCG, onder leiding van geneticus prof. dr. Lude Franke, ontdekten dat het mogelijk is om de data van genexpressie (RNA-profielen) zo te analyseren dat ze gebruikt kunnen worden om afwijkingen in het DNA op te sporen.

Franke legt uit: ‘De individuele DNA-data van kanker – mutaties of chromosomale deleties en duplicaties – zijn meestal om redenen van privacy niet openbaar. Maar wereldwijd hebben duizenden laboratoria de afgelopen vijftien jaar de RNA-profielen van tumoren bestudeerd en deze metingen zijn wel openbaar. Ze zijn van het internet te downloaden. Van een set van zestienduizend verschillende kankerpatiënten hebben we genexpressiedata verzameld. Vervolgens hebben we onze methodiek toegepast en zo konden we bij ieder van hen vaststellen welke afwijkingen zich in het DNA hadden voorgedaan. We ontdekten ook patronen; we zagen dat bepaalde afwijkingen in het DNA erg vaak voorkomen, terwijl andere afwijkingen alleen bij specifieke tumoren, zoals borstkanker, voorkomen. En we stelden bijvoorbeeld ook vast dat bij veel afwijkingen in het DNA de agressiviteit van borstkanker hoger is.’

Aanknopingspunt
De nieuwe methode heeft het mogelijk gemaakt om door een nieuwe bril te kijken naar gen-expressieprofielen. De onderzoekers bleken in staat om bijvoorbeeld voor een moeilijk te behandelen groep van kankers (namelijk die met vele fouten in het DNA) nieuwe potentiële therapeutische aangrijpingspunten te vinden. Een goed aanknopingspunt voor nieuw onderzoek.

Franke: ‘Bij kanker wordt onderscheid gemaakt tussen zogeheten driver-mutaties en passenger-mutaties. De eerste ontstaan in een vroeg stadium, en bepalen de ernst en het gevaar van de tumor. De passenger-mutaties ontstaan later. Bij de behandeling wil je je vooral richten op die eerste groep. Het is goed mogelijk dat die met onze analysetechniek zijn op te sporen.’

Intussen is er een website waar onderzoekers en artsen expressieprofielen kunnen uploaden, waarna ze vervolgens van Franke e.a. de voorspelde afwijkingen in het DNA terugkrijgen, zodat ze zelf bij hun patiënten nagaan of ze nieuwe patronen en afwijkingen zien in het DNA.

Biologische functie
Het onderzoek van Franke en zijn groep had nog een opmerkelijke consequentie. ‘Er zijn twintigduizend genen in het genoom’, zegt de geneticus. ‘Van ongeveer de helft van die genen weten we wat hun biologische functie is. Van de andere helft hebben we geen idee wat ze doen. Maar ze moeten een functie hebben. Door de genexpressiedata te analyseren, konden we nu ook voor die andere helft een uitspraak doe over hun vermoedelijke functies.’

Lees verder

Lees verder op: Medisch Contact