De kennis van de pathogenese van chronischevermoeidheidssyndroom en myalgische encefalomyelitis is in de laatste decennia sterk toegenomen. De hypothese dat de oorzaak was gelegen in het persisteren van ziektegedrag is verlaten. De symptomen worden nu toegeschreven aan een veranderde interactie van biochemische en fysiologische systemen met abnormale activiteit van het immuunsysteem. De combinatie van symptomen is specifiek voor het chronischevermoeidheidssyndroom en myalgische encefalomyelitis, maar er zijn waarschijnlijk meer oorzaken die eenzelfde combinatie van klachten veroorzaken. De klachten en symptomen na Pfeiffer, burn-out, kanker en Lyme zijn alleen met geavanceerde biochemische technieken te herleiden tot hun oorzaak. De gevolgen voor het functioneren worden medebepaald door de ernst van de ziekte. Naast anamnese en observatie bieden inspanningsonderzoek, neuropsychologisch onderzoek en onderzoek van de visus aanvullende objectieve metingen.